La RedBAL se inició en el año 2002 gracias a la financiación de una Acción Especial del Ministerio de Educación y Ciencia que permitió la constitución de la misma, y desde el año 2004 ha venido celebrando reuniones regulares con diversos fondos públicos, aunque que algunos periodos los grupos han asumido la mayor parte de los gastos de asistencia a las mismas. Actualmente, la red está financiada mediante la ayuda a “Redes de Investigación” (convocatoria 2022) del Programa Estatal de Generación de Conocimiento y Fortalecimiento Científico y Tecnológico del Sistema de I+D+i, a través del proyecto RED2022-134678-T «RedBAL: Bacterias Lácticas en Alimentos y Microbiota Intestinal: aplicaciones biotecnológicas y en la salud».